ストーリー

すべてはあの日の出会いから始った…。同じ学校に通う幼なじみの玉城麻衣子はかなりパワフルな性格で、一方的に懐かれているオレはいつも振り回されている。休み時間は超元気なのに、授業中はいつも爆睡、先生を困らせてばかり。そんな彼女にジャレつかれたり、クラスのみんなと騒いだり、そういう毎日がオレは当たり前だと思っていた。あの日、電車の中で丸藤泉美さんと知り合ったのも別に特別なことだとは思っていなかった そう、あれが起きる瞬間までは…。
ホームから人々の姿が一瞬にして消えた、さっきまであんなに大勢いたはずなのに…！？
そして、オレは和辻綾に出会った…。
無人の世界でただ一人生きてきた孤独な少女・綾との出会いからオレの日常は壊れ始めた。
次々と起こる不思議な事件、この世界は偽モノなのか、オレの記憶さえも作りモノなのか？
時を同じくして謎の少女・三枝睦月がオレの前に現れるようになる。
彼女は綾を探すことを止めろ、全てを忘れろという。
それでもオレは綾に会いたい…

惹かれあう二人を引き裂く謎の計画・パンドラプロジェクト… やがて二人は世界の謎の核心へと迫っていく！そして明かされる世界の真実の姿とは！？