鉄郎は、メガロポリスステーションに向かう途中、機械伯爵に襲われ母を亡くしてしまう。だが、亡き母そっくりな謎の美女メーテルに救われ、共に銀河超特急999号で旅に出ることに。機械の体をくれるという星を目指して…。