ついにシムカが『ジェネシス』を発動した!!　『ジェネシス』…それは、シムカがトロパイオンの頂に居座る、トップライダー中のトップライダーを打倒するためだけに育て上げた、史上最大のメガストーム(暴風族連合)。シムカはもちろん、スピット・ファイアたち四人の王と四つのレガリアを持つ362名のトップライダーが所属する、一大連合のことである。そのジェネシスの総長としてイッキが任命され、今や彼女やスピット・ファイアたちが傘下に収まることになった小烏丸。だが有頂天になるイッキに対し、リンゴたちは悲しそうな表情を見せていた…。

ジェネシス発動の一報は、すでに全世界のストームライダーの知るところになっていた。小烏丸が日本最大級のメガストームを傘下に入れた…。だが事実は、イッキが考えているよりも深刻だったのである。なぜならトロパイオンに挑戦するには、最低でもBクラスの資格が必要。だが実際イッキたちはEクラス…まだまだビギナークラスだったからだ。それなのにレガリアまで手に入れ、この先、実力に合わない強大な敵と戦わざるを得なくなるだろう…。京都への修学旅行話がクラスに持ち上がったのは、そんな中での出来事だった。

イッキはまだ迷っていた。周囲はジェネシスを傘下に入れるものだと思って動いているが、チーム内ではブッチャが反対するなど、いまいち足並みが揃っていなかったからである。それにイッキ自身も、トロパイオンの塔の頂上に居る『倒すべき敵』の顔さえ知らず、実感も湧かなければ闘志にも火がつかない…。その悩みを打ち明けられたパーツ屋の婆ちゃんは言う。「知らない!?　そんな事はないだろうさ…」…そして、眠れる森のエンブレムを思い出させた。そう…シムカたちが倒そうとしていたのは眠りの森。つまり、ジェネシスを傘下に入れたら、いずれはリンゴたちと戦わなければならなくなるのだ…!!

それでもイッキは決断した。「ジェネシスを傘下に収める!!」。…だがそれだけではない。実力をつけ、一ヵ月後にはジェネシスに戦いを挑み、本当の意味で自分たちの傘下に組み込むことをリンゴたちに宣言したのだ!!　これには、反対していたブッチャも、不安を感じていたリンゴも納得。小烏丸は再び一枚岩として結束し、再出発後の初仕事に取り掛かることにした。そして修学旅行に必要なアキトの貯金通帳を兄の鰐島から受け取り、いよいよ京都遠征への準備にとりかかる。イッキたちを待ち受けるのは京都の王。たった三人で200を越えるチームを従える関西最大のチーム『トライデント』だ!!