「今日の卒業式は、大いなる決戦のための新たなる旅立ちなのだ！」（ファウスト博士）
伝説の力の一端を見せたことで、十二使徒は見えない学校の第一課程を修了。今日は晴れの卒業式だった。しかし喜びもつかの間、またしても異変が発生。天空船を手に入れたルキフェルが、日本に眠る霊魂を手に入れようと行動を開始したのだ。野望を阻止すべく立ち上がった悪魔くんの前には、プルトーとベリアルが現れる！