ある雨の日、みどり先生があぜ道で突然倒れてしまった。原因不明の病気で入院することになったみどり先生は、医者から手遅れと宣告されてしまう。千兵衛とアラレとガッちゃんは、病気のもとを退治するため、デカチビ光線銃で小さくなってみどり先生の体内に突入する！