太一とウォーグレイモンは本当に死んでしまったのか……。
悲しみに暮れる子供たちとデジモンたち。その時、湖の底から巨大なクリスタルが浮上。刻一刻とミレニアモンの復活が進んでいく。ヤマト、空、光子郎はそれを阻止しようとクリスタルへの攻撃を試みるが、グリフォモンやベーダモンたちの抵抗によってままならない。
そんな中、ミミは兄を失い絶望にうちひしがれるヒカリの心に何とか寄り添おうとする。果たして子供たちは悲しみから這い上がれるのか、そし目前に迫るミレニアモン復活を阻止でできるのか……。