知識の紋章に導かれ、クラウド大陸の大渓谷に再びやってきた光子郎とテントモン。そこでは知識狂いのデジモン・ナノモンが彼らを待ち受けていた。「知識の使い手」にふさわしい者を決めるべく、光子郎に謎解きゲームを仕掛けるナノモン。太一と合流した光子郎は、人質となったホエーモンを助けるべくナノモンのダンジョンに挑む。しかし、そのダンジョンは謎に不正解するたびに「ペナルティ」として仲間が一人ずつ囚われてしまう恐るべき舞台だった。