すべての『悪』は、倉田だった…!!　デジモンの完全抹殺を企み、自作のデジモン『ギズモン:AT』をけしかけ、メルクリモンに致命傷を与えた倉田。せっかくメルクリモンと解りあえたかもしれないのに…。やはり倉田をどうにかしないと、デジモンと人間の関係は、永遠に修復されないのか…!?　怒りに燃えたマサルたちは、完全体の3アタックで、ギズモン:ATに挑む!!　その頃、メルクリモンの傍にいたイクトとファルコモンは…!?

ギズモン:ATの正体は、捕獲され、自我を奪われたデジモンの、改造された姿だった…!?　どこまでも見下げ果てた男…倉田。だが、マサルたちがどんなに必死になろうと、ギズモン:ATの強さは圧倒的だった…。しかも、ギズモン:XT(成熟期)への擬似進化を果たし、マサルたちは決定的な窮地に立たされてしまう!!　一方、イクトは、死に行くメルクリモンにすがっていた。そして、彼の…次第に弱っていく彼の、振り絞るように発した言葉に耳を傾ける…。

メルクリモンは言った。「人間とデジモンが共に暮らせる世界を作ることこそ、イクトにとって幸せな事だ」と。その気持ちは、ユキダルモンも同じ…。ファルコモンの言葉でユキダルモンの最期の瞬間を思い出したイクトは、自分の進むべき道を必死に考える。一度は、人間を憎み、戦おうと決意するイクト。だが彼は気付いた。マサルのように、信じられる人間がいる。人間は悪いやつらばかりではない。その瞬間、メルクリモンが動いた…!!

残る力でギズモン:XTに殴りかかり、マサルたちを救ったメルクリモン。命尽きるまで勇敢に戦ったメルクリモン。…そんな彼の壮絶な最期を目の当たりにしたイクトが、ついに決意した。「憎むのはマサルたちじゃない…悪い心を持つ人間だけ!!」。そしてファルコモンを『ヤタガラモン(完全体)』に進化させ、ギズモン:XTを撃破する!!　だが問題の倉田を取り逃がしてしまい、さらなる危機に直面する事になってしまうのだった…。