倉田の暴挙を止めるため、DATS本部を目指していたマサルたち。しかし本部は、彼らの目の前で爆破されてしまった!!　本部ビルを巻き込んでまでデジタルゲートを粉砕し、マサルたちのデジタルワールド突入を阻止した倉田。このままでは、デジタルワールドはヤツの攻撃で亡ぼされてしまうだろう…。決意したマサルたちは、デジタルダイブをさせることができる、唯一の人物を頼ることにした。そう、イクトの父…野口教授だ!!

国家機密省によってホテルに軟禁されていた野口夫妻を救出させたマサルたちは、夫妻をイクトの元へと連れて行った。ようやく我が子を目の前にし、感激の涙を流すイクトの母…。しかし、一度我が子を失った悲しみが、思わぬ障害となって一同の前に立ちふさがる。「もう二度と、イクトを危険にさらしたくない」…イクトの母が強く主張し、協力を拒んだのだ。両親の心配はわかる。子を想う気持ちもわかる。しかし今は一刻を争う状況…。果たして…!?

だが、母の頑なな心を解きほぐしたのは、イクト自身の言葉だった。我が子の意思を理解し、イクトが背負ったものを受け止める父。そんな彼の説得もあり、ようやく母は納得してくれた。お陰でマサルたちに希望の光がともり、すぐにデジタルゲートがある両親の実家へと向かうことになる。だがそこには、一同を狙う怪しい影が…。薩摩隊長とクダモンも、暗躍する影に敏感に反応。マサルたちの行動を妨害させないよう立ち上がる!!

マサルたちを追って来た、謎の美少女『ナナミ』。その傍らに立つ、無愛想な大男『イワン』。そして、デジタルゲートに飛び込んだマサルたちを待ち伏せしていた、不敵な少年『コウキ』。デジタルゲート内でその三人に囲まれたマサルたちは、さらに驚くべき光景を目の当たりにする。何と、その三人がデジモンに変身したのだ!!　彼らこそ新たな敵。倉田が改造した、第二世代のデジモンとも言うべき、人間とデジモンの融合体だった!!