デジタルワールドに侵攻し、デジモンを絶滅させようとする倉田軍団。それを阻止するためにやって来たマサルたちは、いよいよ最後の決戦に挑もうとしていた。すでに倉田軍団のひとり『ナナミ』を倒したトーマ。だがその破壊工作で、無防備にされてしまったエルドラディモン。このままでは、マサルたちの拠点であるエルドラディモンが陥落させられてしまう…？　しかも肝心のマサルやイクトは、倉田軍団の中枢を叩こうと、別行動を取っている最中だ…!!

マサルとトーマが不在のエルドラディモンを守ろうと、最前線に立つヨシノとララモン。そこに、二人目の刺客『イワン』が現れた!!　ヨシノに好意を寄せるイワンは、彼女をゲットする気満々。なぜかララモンと、緊張感のないヨシノ争奪戦を展開し始める。だが、これはララモンの作戦。ギズモン軍団を指揮するイワンを自分たちに引き付ける事で、軍団の統制を鈍らせようと考えていたのである。

ヨシノたちは、『バイオスピノモン(究極体)』に変身したイワンに挑んでいた。だがその中で彼女は知ってしまう。イワンが、ただ金のために倉田の実験体になった事。ビジネスとしてデジモンを抹殺していた事を…。「ひどすぎる…、それでも人間なの!?」…怒りに燃えたヨシノたちは、心をひとつにして反撃。ついに勝利した!!　だがそこで、彼の本心が明かされる事に…。その事実に直面した時、ヨシノは倉田への怒りを再燃させる…!!

イワンが金に執着する理由…それはすべて、家族たちを養うためだった…。その気持ちを利用した倉田…許せない!!　だがヨシノがどんなにあがいても、事態は倉田の思う通りに運ばれてしまう。時空振動爆弾で人間界の扉が開かれ、エルドラディモンが送り込まれようとしていたのだ!!　急ぎ、それを阻止しようとするマサルたち。しかし健闘空しく、エルドラディモンは人間界へと落下。その巨体を晒してしまう…!!