ベルフェモンを倒し、倉田の野望がついえたと誰もが思っていた。だが彼の最後の行動が、新たな脅威をもたらす…。倉田が破裂させた時空振動爆弾の影響で、日本を含む世界各国の時空の壁が一気に崩壊したのである!!　一つの時空に、二つの世界は存在できない…呟くトーマ。このままだと、いずれ人間界もデジタルワールドと共倒れ。二つの世界は衝突したあげく、崩壊してしまうというのだ…!!　その言葉に、マサルも思わず戦慄する。

その頃、デジタルワールドではイグドラシルが表舞台に出ようとしていた。二つの世界をどうするべきか…。彼に仕えるロイヤルナイツのひとり『クレニアムモン(究極体) 』に、今後の行動を伝えていたのである。デジタルワールドを救う方法は、ただひとつ…。つまり、人間界を先に消滅させればいい…と。人間は再び過ちを繰り返した、もう生き残る価値はない…。そして戸惑うクレニアムモンに、一連の事件を回想させた。

最初は、人間がデジタルワールドに侵入した事。その後、倉田は軍を率いてデジタルワールドに侵攻した。ユキダルモンが生命を奪われた、あの事件である。次々と狩られていくデジモンたち。あの時はまだ希望を持ち、人間の監視に徹していたイグドラシル。だがマサルたちと暴走デジモンの戦い、さらには倉田一派との激闘でデジモンたちが次々と犠牲になるにつれ、ついに限界に達したのである。もはやここまで…人間に生きる価値はない!!

一方、人間界では『時空の壁』崩壊に伴う怪現象に見舞われていた。頻発する落雷。ビルはなぎ倒され、旅客機は墜落の危機。人々はパニックを起こして逃げ惑う。もはやマサルたちの手に負える事態ではない…!!　しかしその時、思わぬ助っ人が…。その名はバンチョーレオモン!!　彼がデジソウルのすべてを放出し、落下しつつあるデジタルワールドを支えたのだ!!「マサル、イグドラシルに会え!!　オレの命が尽きるまでに!!」