デジモンの神『イグドラシル』を名乗り、人間界の消滅をロイヤルナイツに命じた大門スグル。彼は猛反発する息子・マサルに対しても、まるで他人のように接した。しかも、息子共々トーマやヨシノらも抹殺しようとする…。そんな彼らを救ったのは、ロイヤルナイツのひとり『スレイプモン(究極体)』だった!!　そこへさらに、行方不明になっていたはずの薩摩隊長も登場。スレイプモンが、隊長のパートナー・クダモンの進化した姿である事を打ち明けた。

薩摩隊長と再会した一同は、これから自分たちが何をすべきなのかを問われていた。人間界では現在、地下シェルターへの避難が着々と進められている。戦うのか、それとも…。一方、マサルとその家族もまた悩んでいた。父は生きていた。だが、今はまるで別人のように変わってしまっている…。父は人間を、いや家族を裏切ったのか!?　あの優しい父が…!?　 どうしても信じられないマサル。だが母は、あくまで夫を信じ抜くと笑顔を見せる。

母と話すうち、マサルは少しずつ心の整理がつくようになっていた。思い出されるのは、父としたキャッチボール。そこで託された、『一人前の男の証』という金属プレートのペンダント。…父に何があったかは知らない。でもあの時の父は、自分を信じてこの大事なペンダントを預けてくれた…。ならば、自分も父を信じなければ!!　決意したマサルは、ロイヤルナイツのひとり『デュークモン』が人間界に現れたと知って現場に急行。苦戦していたトーマたちを救おうと立ち上がる!!

だがそんなマサルとシャイングレイモンでも、デュークモンには苦戦を強いられた。やはりロイヤルナイツの力は侮れない!!　 助っ人に参上したスレイプモンが、自分もろともデュークモンを氷漬けにしてくれたお陰で危機は去ったものの、これからの戦いは壮絶を極めるだろう。だがマサルは、それでも父を連れ戻そうとする。そして人間界を仲間たちに任せ、アグモンと共にデジタルワールドへ突入するのだった…。