ロイヤルナイツのひとり『クレニアムモン』に勝利し、ついに世界樹に到着したマサルたち。目の前にそびえるのは、デジタルワールドを貫くように立つ巨大な世界樹。これこそデジタルワールドを支えるサーバー(情報管理の中心部)であり、デジモンの神を名乗るマサルの父・大門博士(イグドラシル)が待ち構える目的地だ。ここに父がいる…。頂上にいる父と対面し、人間界への攻撃をやめさせなければ…。

マサルたちの行く手を遮る、セキュリティの数々…。外ではトーマ&ガオモンがとどまり、内部に侵入しようとするマサルたちをサポート。内部では、彼を行かせるため、イクトやヨシノがセキュリティの相手をする事になる。だがバラバラになっても、仲間の気持ちはひとつ。イグドラシルを止められるのはマサルだけ。ならば、マサルを先に行かせるために、この場にとどまって戦うのみだ!!　その頃、人間界でも事態に変化が起こりつつあった。クレニアムモンが現れたのだ!!

知香の元に残ったピヨモンがクレニアムモンと戦おうとする中、デジタルワールドでは、マサルとイグドラシルの決戦が始まろうとしていた。息子として、人間界攻撃の真意を問い正すマサル。だが父は、あくまでイグドラシルとして冷たくあしらうのみ。結局、父の考えがわからないまま戦いを始めたマサルは、絶対的な戦闘力の差に、打ちのめされてしまうのだった。やはり相手はデジモンの神…オレでは勝つことはできないのか…。

父の姿に絶望したのか、マサルは初めて心を折っていた。戦いを諦め、敗北を認めるマサル。だが、そんな彼を仲間たちが励ました。心の中で聞えた父の言葉が、再びの闘志を燃やしてくれた!!　そんな彼の前に現れた助っ人。それは…バンチョーレオモン!!　彼は親友のクレニアムモンに救われ、今こうして、弟子の危機に駆けつけてくれたのである!!　そして彼は開口一番、衝撃的な一言を告げた…。「お前の父、大門スグルは…この私だ!!」