「メカ要塞鬼はまもなく完成いたします。これこそ今までのメカロボットの力を集結した最強のものです」（グラー博士）
日本近海に科学要塞島が現れたとの連絡を受け、ゲッターチームが出動する。彼らが到着した時には要塞島は既に北極海へ移動し、早乙女研究所総攻撃のためにメカ要塞鬼の最終調整をしていた。ところが百鬼帝国一の怪力の持ち主・大輪鬼が、仲間の復讐に燃えるあまり、一人でゲッターロボに戦いを挑んでしまう。