「まもなく東京は無人の廃墟と化すであろう。その後に我等が百鬼帝国を打ち立てるのだ」（ブライ大帝）
早乙女研究所を襲ったメカ闇虫鬼に、ハヤトは単身乗りこみ内部から破壊、ヒドラー元帥とともに爆発の中に消えた。東京を占拠した百鬼帝国に対し、日本政府は徹底抗戦を決断。陸海空の国防軍が同時攻撃をかけ、合体メカロボットを三体に分離させる。そこを、ミチルが乗りこんだゲッターロボが攻撃するが…。