アルゴス長官の上に立つ新たな総指揮官が着任した。その名は地獄大元帥。かつてマジンガーＺに滅ぼされたドクター・ヘルが、闇の帝王の力で復活したのだ…。その頃、研究所の鉄也は頭を抱えていた。カオリという少女の愛犬を戦闘中の事故で死なせてしまい、いくら謝罪しても聞き入れてもらえない。悩み抜いた彼は…。