ビューナスＡの働きを認めようとしない鉄也に、ジュンが反発。両者の間に亀裂が生じてしまった。チームワークの乱れを待っていたかのように、スカラベス将軍の操る戦闘獣・バトラーズが出現。バトラーズの電磁ビームによって搭載されたコンピューターを狂わされ、グレートマジンガーはボスボロットを攻撃してしまう。