お昼寝をしていたシプレとコフレでしたが、突然の光にビックリして目を覚ましました。それは、ココロポットに貯めていたこころの種が輝きだしたからです。きっとスゴイことが起こると喜ぶシプレとコフレ。その言葉通り、こころの大樹から新しい妖精ポプリが生まれていたのです。一方、失敗を続けるサバーク博士のもとへ、砂漠の使徒の支配者であるデューンから指令が届きました。かつてキュアフラワーに敗れたことがあるデューンは、プリキュアの秘密がこころの大樹にあることをサバークに伝えます。その話を聞いたサバークは、すぐさまダークプリキュアにこころの大樹を調べるよう命令しました。
こころの大樹で遊んでいたポプリでしたが、ダークプリキュアに見つかってしまいます。何とかダークプリキュアから身を守ろうと、バリアーをはったポプリですが、その激しい攻撃に耐え切れません。仕方なく、逃げ出すポプリ。そこでサバークはダークプリキュアの代わりに、クモジャキーとコブラージャにポプリを捜すよう命令します。一方、ももかに頼まれて、急に降りてしまった妹役のモデルを代わりに務めることになったつぼみでしたが、緊張してうまくいきません。その撮影現場をのぞいていたのは、降りたという妹役のモデル・かりんでした。そんなとき、ポプリの異変にシプレとコフレが気付きます。