プリキュアが惑星城でガンバっているとき、地球にはデザートデビルたちがいっぱいいました。そんな状況をみんなは不安に思いますが、ケンジは自分たちがプリキュアを信じていれば大丈夫だと言って、ななみたちを励ましていたのです。そのころ、ダークプリキュアとの因縁に、ようやくキュアムーンライトは決着をつけることができました。キュアブロッサムも一安心です。ムーンライトはようやくお父さんの月影博士と再会できて大喜び。でも、月影博士の顔は沈んだままです。その理由を、月影博士が話し始めました。世界中のみんなが幸せになれるよう、こころの大樹を研究するためにフランスに行った月影博士。
でも、その研究はうまくいかず、心が弱ったところをデューンに狙われてしまいました。そしてサバーク博士にされてしまい、プリキュアを倒すため、ダークプリキュアを誕生させてしまったのです。ダークプリキュアは月影博士の娘であり、ゆりの妹だと言われ、ショックを受けるムーンライト。姉妹同士を戦わせてしまったことを月影博士は後悔していたのでした。月影博士に抱きしめられ、安心したダークプリキュアは今まで見せたことのないような笑顔を浮かべ、光となって消えていきます。その姿を見て、思わずみんなは悲しくなりました。そこへ、ついに砂漠の使徒の支配者であるデューンが姿を現します。