友達の青木がお風呂場から消え、その後には藻みたいなものが残されていたという話を聞いて、自分たちのしでかしたことによる妖怪のたたりではないかとこわがる白石でしたが、黒田は取り合おうとしません。しかし一緒にいた赤井もトイレで行方不明になってしまいます。それを目撃していた黒猫からの知らせで、妖怪が出たらしいことを知ったネコ娘は、妖怪横丁のはずれに住むゲゲゲの鬼太郎に急いで知らせにいくのでした。茶碗風呂を楽しんでいた目玉おやじと鬼太郎は、ネコ娘から人間の街に妖怪が出たとの情報を聞かされます。

白石は学校の帰り道、何者かにおそわれます。そこに駆けつけた鬼太郎は、髪の毛針で白石を助けますが、かわりに側溝に引きずり込まれてしまいます。100万ボルトの体内電気を使って危機を逃れた鬼太郎は、白石にこうなった原因をたずねます。実は黒田たちと一緒に、池辺に立てられていた塚を壊したために妖怪が復活したのでした。池を調べた目玉おやじは、残された御札から、あらわれた妖怪が水虎（すいこ）であることをつきとめます。他に狙われている子供がいることを知る鬼太郎でしたが、すでに黒田もさらわれてしまった後でした。

鬼太郎の頼みでネコ娘は白石を連れて妖怪横丁へ出かけ、砂かけ婆に龍の息を混ぜた吸水性の高い特製の砂を用意してもらいます。その夜、狙われている白石をおとりにして、学校のプールに水虎をおびきだす作戦が実行されました。ぬりかべ、一反もめん、砂かけばばあ、子泣きじじい、ネコ娘の連係プレイで水虎を力の源である水から遠ざけ、特製の砂で水分を吸い取って無力化することに成功します。しかし目玉おやじが封じの札を貼ろうとしたその時、雨が降ってきて、水虎の力が復活してしまいました。鬼太郎たちに水虎が反撃して暴れ始めます。

床が崩れて校舎内に落ちた水虎に捕まった鬼太郎は、祖先の霊毛で編まれたちゃんちゃんこで天井をふさいで雨を防ぎ、水虎の身体の中に飛び込みます。体内電気を使って龍の息の反応で高熱を発生させ、水分を蒸発させて水虎の力を失わせることができました。水虎を封印して、さらわれた3人も戻ってきましたが、遊びでやったという黒田の無責任さに、白石は自分たちの責任だと怒り、鬼太郎は今回これくらいですんだのは幸運だっただけだと、妖怪の恐ろしさを伝えます。白石は黒田たちと協力して、壊した塚を元通りに戻して、きれいに掃除するのでした。