10年に一度の、妖怪大運動会がせまっていた。東西南北の4チームに分かれて優勝を競うのだが、妖怪横丁のみんなが所属する東組はここ300年優勝を逃しており、地元開催である今回こそ優勝したいと、油すましは檄を飛ばす。コーチとして張り切る目玉おやじだが、鬼太郎はあまりやる気がなかった。みんなが特訓している最中、お天気雨が降ってきた。鬼太郎はある気配を感じて、その気配の元を探しに行く。実は雨降り小僧が近くに来ていたのだ。雨降り小僧は、自分が行くと運動会が雨で中止になってしまうから、今まで遠慮していたのだった。

いよいよ妖怪大運動会が始まった。つるべ落としの司会により選手入場が開始される。北チームは、なまはげ、座敷童子、おしろい婆、土転び、手長足長など、強力な妖怪が多い。西チームは、すっぽん幽霊、化け狸、赤頭、山爺、そろばん坊主などの個性派がそろう。南チームはアカマタ、シーサー、ふるそま、猫また、ひょうすべ、がんき小僧など手強い面子。東チームは、鬼太郎、ネコ娘、砂かけ婆、子泣き爺、ぬりかべ、一反もめん、かわうそたち妖怪横丁の面々。他にも各地から様々な妖怪が見物に来ており、会場は大にぎわいとなっていた。

第一種目のキジムナー入れ、第二種目の輪入道転がしで最下位だった東チームは、第三種目の妖怪障害物競走で、クネユスリ、妖怪樹をかわして一反もめんが善戦するが、風の神に吹き飛ばされて失格、だが第四種目の妖怪綱引きは子泣き爺の活躍で得点を挙げ、最後の妖怪リレーの結果で逆転できるところまで追い付くことができた。しかし突然雨が降り出す。このままでは運動会は中止となり、現時点で得点の高い南チームが優勝になってしまう。遠くから観戦していた雨降り小僧が、東チームの活躍に興奮して、つい近くまで来てしまっていたのだ。

帰ろうとする雨降り小僧。だが鬼太郎は、雨降り小僧も同じ妖怪の仲間だからとみんなを説得し、雨の中で運動会を続行することになった。最終種目の妖怪リレーは雨のおかげで泥の中での勝負となり、いつもと勝手が違う。参加した雨降り小僧も、泥に足を滑らせて転んでしまう。しかしみんなの声援を受けて再び走り出し、アンカーの鬼太郎にバトンを渡した。鬼太郎は必死に走り、アカマタと接戦になるが、残念ながら舌の差で負けてしまう。鬼太郎は思いきり走る気持ちよさを知り、みんなもいつも以上に盛り上がった運動会に満足したのだった。