妖怪横丁では、願いを書いた紙を燃やして、炎を見守りながら静かに飲み明かす火祭りがおこなわれていた。そこに地獄の閻魔大王に仕える副官の一人、五官王があらわれ、ねずみ男が夜見の国の入り口をふさいでいる霊石を盗み出し、そのために亡者が地上に逃げ出してしまったと告げる。その罪によって、ねずみ男は無間地獄に落とされるというのだ。刻限までに亡者を連れ戻し、霊石を戻すことができれば、ねずみ男を救える。だが、間に合わなければ代わりに鬼太郎の魂が無間地獄に落とされてしまう。鬼太郎はねずみ男を助けることを決意する。

夜見の国への入り口につながる、烏の森の地獄岩で、鬼太郎たちは亡者たちを待ち伏せることにした。だが、亡者の数が多すぎて、防ぎきれずに地上に逃してしまう。そしてその中にねずみ男の姿はなかった。夜見の国からの通路の途中で、霊石を抱えたまま気絶していたのだ。亡者たちは人間だった頃の欲望を持ち続けている。油すましの発案で、いろんな罠を仕掛けて亡者たちを捕まえていくが、数が多すぎて捕らえきれない。霊石を戻すことができれば、亡者たちはまた地獄へ戻るのだが、ねずみ男が見つからなくては、どうしようもなかった。　

夜見の国への通路の様子を見に行っていた一反もめんは、何かがやってくるのを見つけた。夜見の国の亡者の怨念から生まれた、おそろしく凶暴な妖怪、邪魅だ。地獄の牢につながれていたのが、何者かの手によって逃がされたのだ。地獄岩につっかえてもがく邪魅の鎖に捕まっていたねずみ男の話で、鬼太郎は霊石が邪魅の腹の中にあることを知る。邪魅を押し戻させ、鬼太郎も後を追って夜見へつながる穴へ落ちていった。もう刻限がせまっており、いてもたってもいられなくなったネコ娘は、一反もめんに頼んで鬼太郎の後を追うのだった。

途中でねずみ男を拾ったネコ娘は、鬼太郎がねずみ男を助けるために魂をかけていることを伝える。ネコ娘たちがつくった一瞬のチャンスを生かして、鬼太郎は霊石を邪魅の腹から取り戻すことに成功した。だが霊石を受け取ったネコ娘は、邪魅の攻撃を受けて傷ついてしまう。それを助けたねずみ男は、鬼太郎の思いを受け、霊石を元の場所に戻しに行く。鬼太郎は再び地上に出ようとする邪魅をなんとか食い止め、ねずみ男によって霊石も戻されるが、わずかに刻限が過ぎてしまった。だが、閻魔大王の計らいによって、鬼太郎は助かったのだった。