ねずみ男は山でキノコを採って一儲けしようとたくらんでいた。大きなキノコを見つけて採ろうとすると、それは妖怪あまめはぎにはえていたものだった。あまめはぎはキノコでコマ勝負をしようと言い出すが、相手が子供ではないと知ってがっかりする。一方、鬼太郎はネコ娘と自転車の練習に出かけるが、そこで少年カズオと出会い、練習を手伝ってもらうことになった。翌日、山にキノコ狩りに来たカズオは、ねずみ男に珍しいキノコがあるといって、あまめはぎのところへ誘い出され、コマ勝負をすることになったが、負けてしまうのだった。

あまめはぎは子供の足の裏の皮が大好物で、コマ勝負に負けたカズオの足の裏の皮を剥いで食べてしまうと脅し、助かりたければ他の子供をたくさん連れて来いと命じる。困ったカズオは鬼太郎に相談する。あまめはぎとコマ勝負することになった鬼太郎は、コマの代わりに目玉おやじを回して勝利した。くやしがるあまめはぎは、次の日、ねずみ男を使って鬼太郎を呼び出し、復讐戦を挑む。木の皮を食べて育てた巨大なキノコのコマに対して、今度はねずみ男をコマにして戦うが負けてしまい、巨大なキノコのコマに押しつぶされてしまった。

ネコ娘とカズオと一緒に鬼太郎を探す目玉おやじは、ねずみ男から居場所を聞き出して山に駆けつけた。巨大キノコに寄生された鬼太郎の身体にはキノコが生えており、やがて腐って死んでしまうのだという。鬼太郎を助けたければコマ勝負に勝てと言うあまめはぎ。カズオは足の裏の皮をかけて、あまめはぎとコマ勝負することを決意する。妖怪横丁一番のコマ回し名人、傘化けをコマに、一反もめんを紐にしてコマの特訓をするカズオ。翌日、あまめはぎとのコマ三本勝負に挑んだカズオは、特訓の甲斐あって、一勝目を上げることができたのだった。

しかし、あまめはぎは胞子の目くらましと秘技を使って二戦目を勝利した。傘化けがぼろぼろになってしまい、勝負を続行できない。このままでは負けになってしまう。その時、鬼太郎があらわれた。キノコ鍋食べたさのねずみ男が鬼太郎を鍋で煮て、その熱でキノコから逃れることができたのだった。自らがコマになって三戦目を戦う鬼太郎は、自転車の練習の成果を応用して勝利することができた。あまめはぎは山奥に戻り、冬眠することにした。疲れて眠る鬼太郎。だがその頃、西洋妖怪たちの魔の手がせまりつつあるのを、まだ誰も知らなかった・・・