20年に一度、ジャングルの奥から落ち武者の亡霊があらわれて若い娘をさらっていくというB級ホラー映画「クメール遺跡の亡霊」の撮影スタジオの前で、20年前の出来事を回想する男がいた。この映画は20年前にも製作され、今回は3度目のリメイクだった。男は、セットで休憩していた新人製作スタッフの小林に、20年前に妖怪によって人が喰われてしまった事件のことを話し、この映画の撮影を中止するようにせまる。男は、当時のカメラマン木村で、撮影助手が2人行方不明になった事件の犯人として疑われ、撮影所を去った人物だった。

撮影所でエキストラのアルバイトをしていたねずみ男は、クメール遺跡の亡霊の撮影セットで女性の姿をした妖怪に出くわし、襲われたはずみでセットを壊してしまう。逃げ出したねずみ男だったが、スタッフにセットを壊した犯人として連れていかれてしまった。壊れたセットの修復の間に別の撮影をしようと監督に進言する小林を、先輩の大久保と千絵は、いまいましく思う。鬼太郎の家で、ねずみ男の巻き添えを食ってエキストラをクビになったと愚痴るネコ娘に、映画の題名を聞いた鬼太郎は、20年前に人間に警告したことを思い出すのだった。

鬼太郎と目玉おやじはネコ娘に、撮影所のある場所は、かつて沼御前という妖怪が住んでいた沼で、失った妻を探し続ける落ち武者たちという映画の内容が夫を失った沼御前の身の上と重なって、怨念を目覚めさせてしまったと語る。木村は20年前に鬼太郎に助けられており、警告を受けて撮影を中止させようとしたが果たせなかったのだ。千絵から大久保が消えたとの連絡が入り、木村とともに撮影所に向かう小林だったが、スタジオに閉じ込められてしまう。小林を疎ましく思う2人の悪戯だったのだ。そこに沼御前があらわれ、襲いかかってきた。

絶体絶命の危機に、鬼太郎が助けにあらわれる。沼御前に呑み込まれる鬼太郎だったが、体内電気で内側から攻撃し、霊毛チャンチャンコで縛りつけることで、なんとか退けることができた。鬼太郎に、証拠のビデオを重役に見せて撮影は中止してみせると約束する木村と小林だったが、特撮映像と思われ信用してもらえず、小林はクビになってしまった。大久保と千絵は、小林の撮影したビデオをスタジオで鑑賞するが、その画面になぜか沼御前の姿は写っていなかった。不思議に思う大久保の耳に、どこからともなく沼御前の声が聞こえてきたのだった・・・