鬼界ヶ島からアマミ一族のミウとカイが妖怪横丁をたずねてくるという。東京見物をしたいということで、人間界に詳しいネコ娘が案内役を引き受けることにした。ネコ娘は初対面のミウの大人っぽい雰囲気に圧倒されてしまう。ひととおり東京名所を案内したネコ娘と目玉おやじは、ミウとカイを巨大ショッピングモールに連れて行った。服を見たり、ゲームをしたり、映画を見たり、色々と楽しむ一行。ミウが鬼太郎のことを慕っているのを敏感に察知し、気が気ではなかったネコ娘だが、一緒に過ごしてその性格の良さに好感を持ち始めるのだった。

建てられたばかりのこの巨大ショッピングモールに、怪奇現象が起こるということで、ねずみ男が調査を依頼されて来ていた。壁にひびが入り、警備員がお化けを見たというのだ。ショッピングモールの最下層に来たねずみ男は、巨大な妖気の存在を感じる。適当に調査するふりをして逃げ出そうと考えたねずみ男だったが、巨大な妖気を放つ存在は活動を開始してしまい、地震が起こった。地震でショッピングモールは半壊状態。妖気を感じた目玉おやじは、ネコ娘に鬼太郎に連絡させた。子供が取り残されているときいたミウは、探しに行くのだった。

ミウは割れ目に落ち込んだ子供を助けた代わりに、赤い粘液に捕らえられてしまう。駆けつけた鬼太郎とネコ娘は地下へと向かった。地下の空間は妖気が充満しており、巨大な黄色い物体の側にミウが捕らえられていた。ネコ娘はミウを助け出す。黄色い物体に飛びつき、体内電気を放つ鬼太郎、しかしそれをミウが止めた。ミウはアマミ一族に備わる能力で、触れた相手と心を通わすことができるのだ。それによるとこの妖怪は赤エイの子供で、黄色い物体は赤エイの目玉、みんながいるのは赤エイの背中の上だったのだ。その巨大さにおどろくネコ娘。

海底で眠っている間に海が埋め立てられ、ショッピングモールが建設されてしまったのだ。なんとか赤エイを助ける方法を考えてとミウに頼まれた鬼太郎は、あるアイディアを思いつく。つるべ火の転移能力を利用して赤エイを地下から助け出そうというのだ。妖怪横丁のみんなに協力してもらい、つるべ火でショッピングモールを囲み、無事、赤エイを海に帰すことができた。妖怪横丁では、ミウとカイを歓迎するお祭の準備ができていた。みんなと楽しく過ごすミウとカイ。ミウは鬼太郎への思いを、今はまだ、心の奥に秘めておこうと思うのだった。