金星中学校の生徒、隆は友人の明に誘われてもサッカー部に参加せず、帰宅部を通していた。帰りの地下鉄に乗ろうとした時、携帯電話が鳴る。出ると 、誰とも知れない声が、その電車に乗るな、と警告するのだった。思わず電車を降りた隆は、電車が何かわからないものに飲み込まれるのを目撃する。 妖怪から助けてやったのだと語る声は、実は携帯に取り付いていた妖怪が発したものだった。電車の中では、学生が次々に消えていた。その頃、鬼太郎は身体に目状の斑点があらわれ激痛にうめいていた。よみがえりつつある妖怪百目の呪いらしい。

実は、ねずみ男が工事現場の地下で、封印の壷を開けて百目をよみがえらせたのだった。百目はその昔、鬼太郎と戦い、倒す寸前までいくが、百目の 杖の言うことを聞かずに油断して負けたのだ。その時一緒に倒された百目の杖は、いろんなものに乗り移って、現在は隆の携帯となっていた。一方、封 印されていた百目は、完全に妖力を取り戻すために、優秀な子供の目が100個必要だった。百目は、ねずみ男に優秀な子供をリストアップさせて、次々と捕まえていった。百目たちに狙われた明から、隆に助けを求める電話がかかってきた。隆が明の家に駆けつけると、そこには明を捕らえた壷を持ち去ろうとするねずみ男がいた。

逃げるねずみ男を、隆は驚くほどの速さで追いかけていく。ねずみ男を追って、工事現場へたどりついた隆は百目におそわれるが、その身体能力の高さを生かして逃げ延びる。実は、隆は以前、サッカーの練習試合でいいところを見せようとして明に怪我をさせ、そのことを負い目にしてサッカーを辞めたのだった。百目の杖はそんな隆を見て魅力を感じ、もっと人間のことを知るために、百目を裏切って人間の味方となることを決意する。隆は携帯電話の型番BAK600をもじって、バケローと命名した。そして、バケローは隆を救うために鬼太郎へ電話をかけさせ、助けを求めるのだった。

子供たちの目をくりぬくように命令する百目だったが、ねずみ男は嫌がっていた。明を助けようと百目に立ち向かう隆のもとへ鬼太郎がかけつける。しか し鬼太郎は、百目の呪いで思うように力を出せずにいた。隆は、完全に復活していない百目の弱点は長時間その姿を保てないことだと、バケローの助言で気付き、鬼太郎にそのことを伝える。仲間の妖怪の力を借りて百目の攻撃を耐え切り、ついに鬼太郎たちは百目を倒すのだった。一度は隆をかばって力尽きたバケローだったが、鬼太郎たちに命を救われ、妖怪横丁の住人となることになった。そして、隆はバケローに言われ、再びサッカーを始めること にした。