小学生が行方不明になっているという事件を調査しに来た鬼太郎とネコ娘は、ねずみ男がダイレクトメールをポストに入れるアルバイトをしているのを発見する。ねずみ男が配っていたダイレクトメールに入っていた答案用紙に、ひねくれた回答を書いた、いたずら好きで反抗的な少年、小林悟は、立派な妖怪になれる見込みがあるということで、見上げ入道にさらわれ、強制的に妖怪学校に入学させられてしまう。見上げ入道は、妖怪の世界の少子化で将来を案じていたのだ。アルバイトの報酬をもらおうとしたねずみ男も、一緒に入学させられてしまう。