おばけの学校がある。そこには試験も何もない。そんな噂が流行る中、ある日、まなは裕太から、友達がおばけになると言い姿を消したと相談される。実は鬼太郎にも同じ内容の手紙が何通も届いていた。三丁目の墓地で呪文を唱えると、ないはずの四丁目が現れておばけの学校に行けるらしい。真夜中、鬼太郎は呪文を試すと、目の前の別の空間が出現した。奥へ進むとそこには学校があり、子供たちが楽しそうに授業を受けている。なんと教師たちは、鬼太郎が退治したはずの妖怪たち。困惑した鬼太郎は様子をみるため生徒になるのだった。