小学生の裕太は、隣の家に住むまなから鬼太郎の話を聞きだし、ついにゲゲゲの森に来てしまった。人間がゲゲゲの森にやって来たのは、数百年ぶりのことだ。裕太をさっさと帰そうとする鬼太郎だったが、砂かけばばあと目玉おやじに促されて、しぶしぶねこ娘と共に森の中を案内することに。裕太は妖怪のことに詳しく、森の中で出会う様々な妖怪たちに大喜び。ところが、突然森の様子が豹変！次々と襲われていく鬼太郎と仲間たち。目玉おやじは、裕太がその原因だというが・・・！？