ある日、鬼太郎が家でくつろいでいるところに小次郎たちカラス天狗の一団が現われる。小次郎は挨拶をする鬼太郎に構わず、抹殺罪で逮捕すると告げて鬼太郎を連行してしまう。報せを聞いた鬼太郎ファミリーは不当な逮捕に驚くが、法廷で白黒つけようと裁判に臨む決意を固める。かくして、妖怪大裁判が開廷された。しかし、なぜかその場に砂かけばばあたちの姿はなく弁護はねこ娘一人。証人である呼子は、鬼太郎が一つ目小僧を殺害する現場を見たと言い、証拠品として毛針や下駄が提出される。さらに、検察側の証人としてまなが出てきて…。