まなはねこ娘を自らの力で魂ごと消滅させてしまう。その映像は拡散され、妖怪と人間の対立は激化する。憎しみをつのらせていく両者が、お互いを滅ぼそうとする中、鬼太郎はことの真相を知るためにまなのもとへ向かう。一方まなは自身の血筋と母方の曾祖母の話を聞くことになる。その曾祖母はまなの名付け親であり、彼女と同じように見えない世界と縁を持っていたのだ。そこへ現れる鬼太郎。まなは母を傷つけられたことで、鬼太郎はねこ娘を消滅させたことで、相手に怒りをぶつけてしまう。妖怪と人間の狭間に立つ二人は果たして…！