まながゲゲゲの森を訪れると、鬼太郎とねずみ男が些細なことをきっかけに言い争っていた。両者は何度目かわからない絶交を宣言して別れる。
一方街では水が汚染され、人々が飲料水を求めて奔走していた。原因はわからず、さらに汚染水はどのような浄化装置も無効だった。鬼太郎は一連の汚染騒動の黒幕は、大逆の四将の黒坊主ではないかと推測する。調査を開始する鬼太郎だったが、水の汚染は止まることを知らなかった。その頃、鬼道衆の生き残りである石動零もまた動き出していて…！？