境港のみなと大漁祭りを楽しむ鬼太郎たち。ところがまなが、奇妙な声に呼ばれたまま姿を消してしまう。
同じころ、弓ヶ浜では隠れ里への扉が開いていた。声に呼ばれたまなは、橋を渡ってその扉をくぐり抜けてしまう。気が付くと、彼女は美しい花が咲き乱れる場所にいた。そこでまなは、和服姿の子供たちに会う。彼らをまとめる少年・一之進はここから帰ることはできないと言う。そして自分たちは文政二年、つまり江戸時代の人間だと告げるのだった。
果たして鬼太郎たちはまなを見つけ出せるのか。そして、少年たちを待ちうけるのは…！？