若者が不気味な仮面の妖怪に襲われ行方不明になる事件が相次ぎ、鬼太郎は調査に乗り出す。その矢先、仮面の妖怪の襲撃にまなが巻き込まれてしまう。駆けつけた鬼太郎たちにまなは助けられるが、襲われた他の若者たちは連れ去られてしまった。ねこ娘は現場に残されたスマートフォンから、被害者が皆とあるクスノキの写真を撮っていたことを突き止める。既に伐採されたクスノキに向かった鬼太郎たちは、老人の川路に話を聞く。彼は、妖怪はクスノキの守り神で、若者たちは自業自得だと主張する。果たして仮面の妖怪の正体と目的とは…！？