ある日、突如富士山周辺に巨大な眼球が現れ、人々は驚きパニックに陥る。ただ浮かんでいるだけで、何をするわけでもないが、鬼太郎は事態の収拾のために動き出す。その途中で彼は、門倉という男性に出会う。彼は妖怪、中でもダイダラボッチを専門に研究しており、人間と妖怪の共存する世界を夢見ていた。鬼太郎は人間と妖怪は近づきすぎないほうがいいと彼に忠告するが、聞く耳をもたない。なぜ門倉はダイダラボッチに執着するのか。そして、ダイダラボッチ復活のために暗躍する黒いフードの一団の正体と目的とは…！？