西洋妖怪の帝王が復活した。「貴様たちに残された道はただひとつ。滅びだ！」バックベアードはぬらりひょんと手を組み、ひとつの街を消滅させる。それをきっかけに人々の妖怪への憎悪は膨れ上がる。そして妖対法が成立し、政府は妖怪テロリストたちを次々と滅ぼしていく。その中で妖怪たちも人間への憎しみを募らせていった。その波はゲゲゲの森も呑み込み、人間へ対抗しようとする妖怪が現れ始める。人間と妖怪の衝突を避けるため、鬼太郎は総理を説得しようと決意する。