ドクターヘルは、機械獣・エアロスＢ１、Ｂ２、Ｂ３を使って富士山を爆発させようと計画を立てる。Ｂ１が火口に穴を開け、Ｂ２が溶岩を吸い上げ、最後にＢ３に積んだ核弾頭を起爆剤にして大噴火を引き起こす手順だ。Ｂ１とＢ２は予定通りに任務を終え、いよいよＢ３が富士山に向かって発進する。計画を察知したマジンガーＺは、山頂に立ちはだかってＢ３を待ち受ける。富士山噴火は何としてでも阻止しなければならない！