甲児とシローの兄弟は、光子力研究所の近くに引っ越してきた。さやかに憧れるボスたちとも知り合い、富士市の生活にも慣れてきた頃、バードス島ではドクターヘルが怒り狂っていた。地下帝国に二度の敗北は許されない。ドクターヘルは雪辱を期し、機械獣・グロマゼンＲ９を出撃させる。甲児は未だマジンガーＺの操縦に慣れていないうえ、練習中に負傷していた。グロマゼンＲ９接近の報せを受け、さやかがアフロダイＡに乗り込んで出撃するが…。