最終戦争まっ最中の『第一惑星ザバ』と『第四惑星マヤ』。その近隣惑星『第五惑星』に停車するはずの999は、第五惑星爆発の知らせを受けて『第三惑星』への緊急停車を余儀なくされる。下車した鉄郎とメーテルは、謎の猿人に襲撃されパスを奪われてしまった。星を探索するうちに、第一惑星ザバから来た青年ゼスと出会う。彼は恋人と二人、消滅するザバからこの星に送り込まれた。人々が謎の逆進化を遂げてしまうこの第三惑星だが、なんとか逆進化を阻止する方法を考え、新たなザバを発展させるのが目的なのだ。