「殺しあうのはよそう。見ろ、朝日があんなに美しいぞ」(ハーロック)
地球は外宇宙より現れたイルミダスによって侵略され、虐げられた人類は苦しみのどん底にあえいでいた。だが、絶望的な状況の中でも果敢に戦い続ける男がいた。かつて軍人として最後までイルミダスを苦しめた男…今は宇宙海賊として追われる身のキャプテンハーロックである。宇宙戦艦アルカディア号を設計した大山トチローと共に、彼は果てしない大宇宙へと乗り出してゆく。たどり着くべき理想郷・アルカディアを求めて…。