「これは有紀くんの問題だ。有紀くんが片付けなければならない問題だ」
オペレーターの有紀蛍は両親の墓参りに訪れていた。そこへ父の元弟子・一也がやって来る。かつて蛍の父親は、機械に囲まれることのない、地球とまったく同じ環境のスペースコロニーを作ろうとしていた。しかし実験は失敗して父は絶命し、唯一の生存者である一也は父を非難した。だが今はそれを過ちと認め、研究を引き継いだという。しかしアルカディア号を降り、一也の実験を手伝おうと決意した螢は裏切られてしまう。何と彼はマゾーンのスパイだったのだ。真実を知った螢は一也と対決し、自らの手で彼を葬る。