マゾーンの侵略を阻止して地球に凱旋したハーロックたち。だが、彼らを待っていたのは地球追放命令だった。正たち若者のために海賊の解散を考えていたハーロックは、クルーに恩赦を与えて欲しいと首相に頼むが拒絶される。そんな時、地球に眠っていたマゾーンが一斉に蜂起して……。