聖なるデジモンを目指して、太一、光子郎、ミミのグループと、ヤマト、空、丈のグループに分かれての冒険が始まった。砂漠地帯を行くヤマトたちは、凶暴な闇のデジモン・スコピオモンから逃げる小さなデジモンたちを助ける。彼らは、闇のデジモンに対抗しているレオモンのもとに逃げる途中だった。聖なるデジモンのもとに急ぎたいヤマトと、デジモンたちを見捨てておけない空が対立、とうとうヤマトはガブモンとともに別行動をとってしまう。ヤマトには急ぎたい理由があったのだ。だが…！