オロチモンをどうにか倒したものの、突如始まった謎のカウントダウン。それは現実の東京でも同じように発生し、人々の持つ電子機器にも異常が起こりつつあった。警戒する太一たちの前に現れたのは、オロチモン本体が進化した究極体、ニーズヘッグモンだった！ニーズヘッグモンはカウントダウンと連動し、カウントがゼロになった時、現実の東京を破壊する影響を与える可能性があった。究極体の絶大な攻撃を前に太刀打ちできない太一たち……その時、現実の世界でヒカリとタケルに不思議な反応があった。