ダークナイトモンの攻撃から仲間たちを守るため、パタモンはついに聖なるデジモン・エンジェモンへと進化した。エンジェモンはかろうじて仲間たちをその場から転移させたが、なんと太一たちは大陸のあちこちに散り散りになってしまった！　全員の終結を目指して動き出す仲間たち。しかし彼らはそれぞれ凶悪なデジモンたちとの戦いに巻き込まれていく。現実の世界でもロケットの爆発事件以降、情報が錯綜してネットワークに大きな力を引き起こしていた。事態を解決するため、太一たちは動き出す。