ある日子供たちの前に突然現われた空飛ぶジャングルと、そこから落ちてきた果物。太一・アグモンと空・ピヨモンは、みんなの分の果物を取るべく空飛ぶジャングルに向った。だがそこでは先住デジモンのポームモンたちが、侵略者トロピアモンとその部下フライモンたちによって果物の形状にされてしまい、やがて食べられてしまう運命にあった。怒った空と太一は、ポームモンたちを救出し空飛ぶジャングルをポームモンたちの手に取り戻すためにトロピアモンに立ち向かうが、何と太一とメタルグレイモンが果物にされてしまう！空は太一たちの救出に、ガルダモンはトロピアモンとのバトルに挑むが、果たして太一らやポームモンたちを助け、ジャングルを取り戻す事ができるのか……。