「巨大な破滅」の正体を探るべく旅を続ける太一とアグモン。すると、彼らは突如として謎の空間に吸い込まれてしまう。そこに待ち受けていたのは、彼らが初めて出会った時に戦った無数のアルゴモン幼年期Ⅱたちだった。アルゴモンたちはいきなり成熟期へ進化し、さらにそのうちの1体が完全体へと超進化、太一とアグモンに語りかけながら攻撃してくる。アルゴモンが仕掛けたのは、太一の命を賭けた「実験」だった。アルゴモン完全体は何を狙っているのか、そしてその正体は？