森の中を進む太一と空は、何者かの仕掛けた罠に捕らえられてしまった。そこへ現れたのは、小さなタネモンたちと、太刀川ミミという人間の女の子。ミミはデジタルワールドへ飛ばされたあと、この地で女王として暮らしているのだという。そして罠は、凶暴な野生のデジモンを防ぐために作ったらしい。太一と空はミミの手助けをする事になるが、選ばれし子供たちを付け狙うオーガモンも、彼らの元へ迫って来ていた！