太一とアグモンは、空たちとともにとある古城にたどり着く。そこには、黄金の鳥をしたがえた謎のデジモンが待ち受けていた。そのデジモンの力なのか、太一はアグモンや空たちから引き離され、凶暴なデジモンたちが息づく未知の場所に転移してしまう。
突然の出来事に困惑しつつも、太一はゴブリモンに襲われていた幼年期のボタモンを助け、一緒に行き先を探すことにする。ともに戦ってきたアグモンがいない中、次々と襲いかかってくるデジモンたち。ボタモンを守りながら逃げる太一の姿を、黄金の鳥がじっと見つめていた……。