ついに始まった「巨大な破滅」。そして、それをもたらすデジモン、ネガーモン。その力はデジタルワールドだけではなく、人間の世界をも消滅させていく。二つの世界を守るため、最後の戦いに挑む選ばれし子供たちとデジモンたち。しかし、圧倒的なネガーモンの力によって、空とピヨモン、光子郎とテントモン、ミミとパルモン、丈とゴマモンは食われ、存在を消されてしまう。ウォーグレイモンやメタルガルルモンの攻撃も全く通用せず、追い詰められていく太一たち。果たして、世界はこのまま「巨大な破滅」に飲み込まれてしまうのか……？